Hur avloppsvattenlabor kan hjälpa till att besegra pandemin

När vi ser mot den långsiktiga hanteringen av SARS-CoV- 2 (viruset som orsakar COVID-19), och faktiskt den förväntade uppkomsten av andra nya virus, får avloppsvattentestens roll nya betydelse. Faktum är att det kan visa sig spela en ännu större roll än klinisk diagnostik i vår övergripande strategi.

Myndigheter överallt har börjat erkänna dess betydelse och program har redan börjat växa upp i län och kommuner i USA och andra länder. Enligt Environmental Protection Agency (EPA):

“Preliminär forskning från hela landet och runt om i världen indikerar att övervakning av avloppsvatten för förekomsten av den genetiska markören för SARS-CoV- 2, dess RNA, kan vara användbart som en känslig tidig indikator på låga nivåer av infektioner i samhället. Att ha ett system för tidig varning för att varna folkhälsomyndigheter om infektion eller brist på infektion kan vara till hjälp för att rikta resurser, till exempel individuell testning, till de samhällen som kan behöva det mest. / blockquote>

Hur laboratorier kan involveras

EPA har pågående forskning för att utveckla optimala program och metoder för SARS-CoV-2-testning för avloppsvatten och har publicerat vägledning på sin webbplats för laboratorier som vill engagera sig.

Centers for Disease Control (CDC) har också erkänt den viktiga rollen som avloppsvattentestning och har publicerat vägledning .

Sammanfogning av två kompetensområden

Laboratorier för reningsverk och miljöövervakningslaboratorier har en fullständig förståelse för vad som är involverad i testning av avloppsvatten: provtagningsmetoder, behållare, djup, flöde, spädningar, filtrering, kontrollprover och liknande. Labs som är bekanta med COVID-test har å andra sidan sannolikt inte den svagaste aning om sådana saker. På samma sätt förstår de kliniska diagnostiklaboratorierna molekylär testning inklusive provhantering och prep, RNA-extraktion, rtPCR-analys, HIPAA och CLIA-krav etc.

Klicka här för att begära din demo

Be ett kliniskt laboratorium samla upp avloppsvatten och testa för SARS-CoV-2 så skulle de hopplöst vara utrustade. Men det motsatta är inte riktigt lika sant. Avloppstestlaboratorier känner till alla detaljer som påverkar hur man samlar in och förbereder avfallsprover för att göra meningsfull analys. De behöver bara lägga till PCR-instrument och protokoll. Och de begränsas inte av HSS-testreglerna för mänskliga patienter som reglerar kliniska laboratorier. Hittills har det inte funnits några bevis för att SARS-CoV-2-material som finns i avfall utgör någon infektionsrisk.

Hur ser COVID-avloppstestning ut i praktiken?

Resultatet är att vi ser tre huvudsakliga sätt att COVID-testning av avloppsvatten görs:

  1. Samarbete: En av de mest naturliga metoderna ser ett CLIA-laboratorium med PCR-testfunktioner samarbetar med en avloppsvattenanläggning. Detta partnerskap kan variera i ansvarsfördelningen. I den vanligaste strukturen hanterar WW-anläggningen provinsamling och prep medan det kliniska laboratoriet hanterar RNA-prep, extraktion och testning. Rapportering är för närvarande skyldigt att skickas till folkhälsoavdelningarna, som kan ta hand om överföring av data till CDC. I annat fall måste de kliniska resultaten också skickas till CDC. Tyvärr varierar systemen från stat till stat – men de flesta stater arbetar för att konsolidera och förenkla rapporteringsbördan för laboratorierna. I ett annat allmänt använt tillvägagångssätt skickar WW-anläggningar prover till forskningsprogram , varav många är statligt finansierade genom universitet.
  2. Rådgivning: Labs som hittar själva i stånd att erbjuda sina tjänster till kommuner, län eller andra enheter med egna avloppssystem.
  3. Avloppslaboratorium COVID Testning: Denna modell växer långsamt och kan visa sig vara den vanligaste, eftersom det allmänna begreppet avloppsvattenbaserad epidemiologi blir mer accepterat och etablerat som en normal del av avloppsvattenhanteringen. De högsta nivåerna i den amerikanska regeringen lägger faktiskt grunden för att göra epidemiologi till en normal del av avloppsvattenhanteringen.Centers for Disease Control and Prevention (CDC) och US Department of Health and Human Services (HHS), i samarbete med myndigheter i hela den federala regeringen, skapar National Wastewater Surveillance System (NWSS) som svar på COVID-19-pandemin.

Från CDC .gov :

CDC utvecklar för närvarande en portal för statliga, stam-, lokala och territoriella hälsoavdelningar för att skicka in avloppsvattentestningsdata i en nationell databas för användning i sammanfattning och tolkning av data för folkhälsoåtgärder. Deltagande i en nationell databas kommer att säkerställa jämförbar information mellan jurisdiktioner. Data från avloppsvattentestning är inte avsedda att ersätta befintliga COVID-19-övervakningssystem utan är avsedda att komplettera dem genom att tillhandahålla:

– Ett effektivt samlat samlingsprov.

– Data för samhällen där snabb klinisk testning av COVID-19 är underutnyttjad eller otillgänglig.

– Data på sub-county-nivå.

Klicka här för att begära din demo

Datahantering

Lägg märke till var tyngdpunkten ligger: data. I slutet av dagen är det allt som labbet handlar om. Allt annat är i själva verket helt enkelt ett sätt att avsluta rapporteringsresultaten. Och när det gäller en pandemisk nödsituation – eller övervakning och förebyggande av den – är det ännu viktigare att uppgifterna är korrekta, fullständiga och aktuella. Och det kan inte förnekas, det enda sättet att vara säker på det är genom automatisering, speciellt en LIMS (eller LIS, på medicinsk språk). Att eliminera pappers- och manuell datainmatning eliminerar transkriptionsfel, felläsning av handskrift, utelämnanden och felaktiga beräkningar. Och det hjälper till att säkerställa snabb rapportering som uppfyller format och andra krav för folkhälsa och federala myndigheter.

COVIDLiMS for Environmental & Avloppsvattenlaboratorier

Avloppsvattenbaserad epidemiologi, som introducerades 2005, börjar först växa till klinisk betydelse. Fram till nyligen var användningen till stor del begränsad till mätning av olaglig drogkonsumtion . Följaktligen är LIMS / LIS speciellt utformad för COVID-19-test knappa. Ominriktning av system för denna unika funktionalitet kan vara svårt – eller åtminstone tidskrävande – och dyrt. Ett undantag är COVIDLiMS för miljö- och avloppsvattenlaboratorier från LabLynx, Inc. Miljö- och avloppslaboratorier har länge använt LabLynx grundläggande molnbaserade LIMS, ELab. Den senaste introduktionen av COVIDLiMS för SARS-CoV- 2-test innehåller alla funktioner som behövs för både traditionell avloppstestning och SARS-CoV-2-testning av avloppsvatten.

Gå med i kampen

Möjligheten finns. Och utöver de ekonomiska fördelarna har laboratorierna chansen att ge ett meningsfullt bidrag till kampen mot COVID – ja, något liknande hälsohot – både nu och på lång sikt, som en etablerad del av folkhälsosystemen. Varför inte engagera dig i den här modiga nya branschen?

Som branschledande inom laboratorieinformatik kan LabLynx hjälpa dig genom LIMS för COVID-testdistribution. Vi kan skräddarsy vår COVIDLiMS-lösning efter ditt labbs unika behov på bara en vecka. För mer information, kontakta [email protected] eller ring 866-LABLYNX (522–5969) .

Klicka här för att begära din demo

Referenser

Forskning om COVID-19 i miljön | US EPA

Modellering av SARS-CoV-2-aerosoler och utvärdering av inaktiveringstekniker Detektion och övervakning av SARS-CoV-2 i avloppsvatten …

www.epa.gov

Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)

Använd denna vägledning för att genomföra avloppsvattenbaserad sjukdomsövervakning. Avloppsvattenbaserad sjukdomsövervakning är en …

www.cdc.gov

Nationellt avloppsvattenövervakningssystem

Centers for Disease Control and Prevention (CDC) och US Department of Health and Human Services (HHS), i …

www.cdc.gov

Burlington, Vermont utnyttjar innovativt avloppsvattenbaserat epidemiologiskt program för att stoppa …

NEW YORK- – (BUSINESS WIRE) – Den framåtblickande staden Burlington, Vermont har valt GoAiguas avloppsvattenbaserade …

www.wateronline.com

Orange County Sanitation District

COVID-19 förändrade saker drastiskt på kort tid. Eftersom det var så oväntat tog det också med sig …

www.ocsd.com

Nya partnerskapsspår COVID-19-infektioner i Cambridge genom analys av avloppsvatten

Ett nytt partnerskap med Biobot Analytics, Inc. i Cambridge erbjuder ett nytt tillvägagångssätt för att spåra COVID-19-utbrott …

www.cambridgema.gov

Avloppsvattenbaserad epidemiologi

Avloppsvattenbaserad epidemiologi (WBE) (eller avloppsvattenbaserad övervakning eller avloppsvatten kemisk informationsutvinning) är en…

sv. wikipedia.or g

COVIDLiMS för miljö & Avloppsvattenlaboratorier – COVIDLiMS.com

Det kompletta flexibla systemet för att hantera alla dina datahanteringsbehov. Skärmpersonal, processfekal, luft, vatten eller …

www.covidlims.com

Lämna ett svar

Din e-postadress kommer inte publiceras. Obligatoriska fält är märkta *